知网查重是指利用知网等专业文献查重工具对论文进行查重，主要用于检测文献的原创性和学术诚信。而校内查重则是指学校或教育机构自建的查重系统，用于检测学生提交的论文与网络资源的相似度。知网查重通常具有更严谨的算法和更广泛的文献库，能够更全面地检测文献的重复率和抄袭程度；而校内查重则更侧重于学校内部的管理和教学需求，能够更好地满足学校对学术诚信的要求。

此外，知网查重通常需要购买使用，费用较高，但检测结果较为准确可靠；而校内查重系统则通常由学校提供，学生可以免费使用，但检测范围和准确度可能不如知网查重。因此，选择使用知网查重还是校内查重，取决于具体的使用场景和需求，以及对查重结果的要求和信任度。