在万方查重处理引用文献时，首先需要登录万方查重平台，选择上传文档的功能，将待查重的文献上传至系统。系统会自动对文献进行比对分析，给出查重结果和重复率。若发现引用文献未被正确识别，可手动标注引用部分，再次进行查重。另外，注意保持文献格式规范，避免查重结果出现误差。

处理引用文献时，应当注意避免直接复制粘贴他人的文献内容，以免被系统误认为抄袭。可以适当进行文献内容的改写和重组，保持原意的基础上减少重复率。此外，在查重结果中，若发现引用文献未被正确识别，可尝试手动标注引用部分，或调整文献格式，再次进行查重以确保准确性。