万方查重和知网查重率差异主要表现在算法和数据源上。万方查重采用了先进的文本查重算法，结合多个数据库资源进行查重，能够更全面地检测文本相似度。而知网查重虽然也有一定的查重功能，但由于数据源和算法的限制，查重率相对较低。此外，两者对于文本相似度的识别标准也有所不同，导致了查重率的差异。综合来看，万方查重相对知网查重具有更高的查重率和准确性。

除了算法和数据源的差异外，万方查重和知网查重率差异还受到文本类型和处理方式的影响。对于不同类型的文本，两者的查重效果也会有所不同。此外，用户在使用时也需要考虑到文本的格式、长度等因素对查重结果的影响。因此，在选择查重工具时，需要根据具体需求和文本特点进行综合考量，以获得更准确的查重结果。